L'histoire de la marque débute en 1887 lorsque le Dr Homère Clément acquiert le Domaine de l'Acajou, une prestigieuse plantation de 160 hectares, en pleine crise du sucre. Médecin, homme politique et planteur martiniquais, Homère Clément est décrit comme une figure influente, ayant notamment été maire du François et un des premiers "noirs" à avoir obtenu son doctorat en médecine en France.
En 1917, encouragé par l'effort de guerre, il fonde la distillerie Habitation Clément sur les terres du Domaine de l'Acajou. Plutôt que de produire du rhum à partir de mélasse, il choisit de distiller directement le jus de canne à sucre frais. Cette approche novatrice lui vaut le surnom de « parrain du Rhum Agricole » et est créditée d'avoir relancé l'économie de la Martinique.
Après le décès d'Homère Clément en 1923, son fils Charles, décrit comme un distillateur de talent, prend les rênes de l'entreprise. Il perfectionne les méthodes de production et joue un rôle essentiel dans l'exportation du Rhum Clément, faisant de la France le premier grand marché pour le rhum agricole en dehors des Caraïbes.
En 1973, ses propres fils, Georges-Louis, Jean-José et Marcel-André, lui succèdent.
En 1986, l'entreprise, au bord de la faillite, est acquise par le Groupe Bernard Hayot (GBH). Pour maintenir la production, la famille Hayot prend une décision stratégique : elle ferme la vieille distillerie, jugée en mauvais état, en 1988 et déplace les activités de distillation vers la Distillerie Simon, située non loin de là, emportant les précieux alambics à colonne créole qui sont toujours en service.
Plutôt que d'essayer de rénover une structure industrielle obsolète, la famille Hayot choisit de transformer l'Habitation Clément en un musée dédié à la production de rhum, un centre d'interprétation ouvert au public dès 1988.
L'Habitation Clément est bien plus qu'une simple entreprise de rhum ; c'est un site classé qui préserve le patrimoine de la Martinique et sert de cadre à des activités culturelles dynamiques.
La maison de maître du domaine et ses dépendances ont été classées monuments historiques en 1996. Le site offre une immersion dans le mode de vie des planteurs du XIXe siècle, avec une architecture et un mobilier créoles d'époque.