L'histoire de l'Habitation Saint-Étienne commence au début du XIXe siècle, sur le site d'une ancienne sucrerie appelée "La Maugée". C'est en 1882 qu'un jeune industriel visionnaire, Amédée Aubéry, acquiert la propriété et initie une transformation majeure. Il convertit la sucrerie en distillerie de rhum agricole, modernise les infrastructures et fait poser des voies ferrées pour faciliter le transport de la canne à sucre vers l'usine. L'énergie hydraulique fournie par la rivière Lézarde, qui coule à proximité, servait à alimenter la production.
Après une période de déclin et d'inactivité à la fin des années 1980, l'Habitation Saint-Étienne est relancée en 1994 par les frères Yves et José Hayot. Cette reprise a été un tournant stratégique fondamental pour la marque. Ayant déjà en leur possession la distillerie Le Simon, les Hayot ont pris la décision de ne pas réactiver les installations de distillation de l'Habitation. Au lieu de cela, ils ont choisi d'utiliser la distillerie sœur pour produire le rhum de base. Le rhum brut est ensuite ramené à l'Habitation Saint-Étienne pour y être stocké, vieilli et embouteillé.
Aujourd'hui, l'Habitation Saint-Étienne ne distille plus de rhum, mais elle est devenue le cœur spirituel et la vitrine de la marque. Le site a été soigneusement restauré et classé « Monument Historique » et « Jardin Remarquable ». C'est un lieu d'accueil pour les visiteurs, abritant neuf chais de vieillissement, une boutique et un bar à dégustation.
HSE se distingue régulièrement lors de concours nationaux et internationaux. La marque a notamment remporté le meilleur palmarès lors du prestigieux Concours Général Agricole (CGA) de Paris en 2024, avec six médailles d'or et trois médailles d'argent.